O processo de seleção para o curso de mestrado profissional é anual. O edital de seleção é publicado no início do segundo semestre e o processo seletivo acontece no mês de janeiro.
A divulgação é realizada por meio do site do programa (http://www.mestradoensinociencias.uff.br) e da Universidade Federal Fluminense, através das mídias sociais (facebook, Instagram e WhatsApp), banners distribuídos em escolas do Estado do Rio de Janeiro e mensagens eletrônicas enviadas para as Secretarias de Educação do Estado do Rio de Janeiro.
